Narzędzia

Move All

Najbardziej przydatne narzędzia znajdują się w górnej części okna wyświetlacza, ale niektóre funkcje są dostępne tylko via w menu "Tools".
Narzędzia te są podzielone na trzy grupy:

1. Pierwsza grupa: zmiany cech głównego okna:
- To narzędzie umożliwia zmianę rozmiaru "Offscreen" (obraz poza ekranowy - najpierw wygenerowany w pamięci RAM potem wyświetlany) w celu wytworzenia większego obrazu na ekranie
  Można również zmienić płytę głębokości, gęstość punktów przeznaczoną do rysowania powierzchni van der Waalsa, a także odległości pikseli dla separacji stereo.
2. Druga grupa: ruch cząsteczki
- Translacja
- Powiększanie
- Rotacja
Przy wyborze właściwego narzędzia, można za pomocą myszki kontrolować cząsteczkę. Można poznać wszystkie szczegóły za pomocą: Move & Rotate, dzięki którym możemy dowiedzieć się, jak wpływać na wszystkie białka lub tylko niektóre reszty molekuły.
3. Trzecia grupa: ogólne wykorzystanie narzędzi
- Odległość między dwoma atomami
- Kąt między trzema atomami.
- Domyślnie pozwala na pomiar: kątów omega, phi i psi zaznaczonego aminokwasu (można wybrać dowolne atomy aminokwasu). Ale po uruchomieniu tego narzędzia wraz z klawiszem "ctrl", zostanie wyświetlone polecenie, aby wybrać 4 atomy, które pozwala na pomiar kąta skręcenia konkretnych wiązań.
- Pochodzenie atomu (wyświetli nam nazwę cząsteczki, grupy, łańcucha i atomów).
- Wyświetl / nie wyświetlaj grup, które są / które nie są w pewnej odległości od atomu.
- Wyśrodkuj widok cząsteczki na konkretnym atomie (przy użyciu tego narzędzia, widok automatycznie przełączać się będzie na różne współrzędne).
- Dopasowanie cząsteczki do innej (dostępne tylko wtedy, gdy dwie lub więcej cząsteczek jest wczytanych). W tym przypadku pojawi się polecenie, aby wybrać trzy odpowiednie atomy cząsteczki i je dopasować. Należy pamiętać, że istnieją inne lepsze sposoby dopasowania dwóch białek dostępnych w menu "tool".
- Narzędzie mutacji.
- Narzędzie skręcania.
Wszystkie z tych funkcji poproszą cię abyś zaznaczył konkretne atomy.
Postępuj zgodnie z instrukcjami pojawiającymi się na czerwono pod narzędziami, wyniki będą w tym miejscu, jak również bezpośrednio na cząsteczce.

Uwaga:jeżeli klawisz "Caps Lock" jest wciśnięty można mierzyć kilka odległości kątów sukcesywnie/jednocześnie. Aby wyjść z tego trybu po prostu odklikaj "Caps Lock" lub wciśnij "Esc"